伯爵和公主启程返回修复后的海德伯爵，途中伯爵会见朋友和帝国军队，在他们的领土上进行军事演习。因马丁星球（诸郡首府）人间世界的政府拒绝投降，经伯爵调停，马丁无血开城。最终在伯爵自我放逐和自治的条件下投降。主人公从此失去了家乡，与公主一起回到军队服役在战旗3我们迎来星界动画的尾声，欢乐中带着悲伤。经历了罗布纳斯的生离死别后，拉斐尔与津特暂时离开星界军，津特有机会践行纹章中许下的诺言，带拉斐尔去故乡做客。两人的猫结成了伴侣，逗猫的场景轻松愉快。旅行的途中，津特与拉斐尔遇上了参加演习的舰队。战旗中登场的诺如（艾克琉亚）在本作中大大刷了存在感，并且狠狠摆了津特一道，让人捧腹。星界中没有上演三角恋的戏码，但许多诺如思念的镜头颇让人心疼，亚维的婚姻观与地上人差别很大，在今后漫长的岁月中，诺如或许会有一些机会。与故乡的重逢并不如希冀得那么美好。见到了曾经的挚友库德林，德林对于亚维人社会理念的排斥与质疑，把身份认同这一痛苦的问题摆到了津特眼前。马尔地纽的对空防御系统比格查尔在演习舰队的反击中被摧毁，作为津特父亲的遗产，也不复存在了。迫于形势的海德接受谈判，津特与养父母重逢，却意味着有生之年不能再踏上故土，海德可以放弃抽象的主权，却不能接受一个活生生的君主，签字前摔落的钢笔正如津特那受伤的内心。动画结束了，搜索了下小说，似乎也没有太多的后文，关于未来也就任凭观众想象了。漫长的战争多半是打打停停，地上人与亚维人的矛盾很难消除，即使有一天亚维真的击垮